Chi phí ước tính ban đầu để tổ chức Thế vận hội Trẻ Mùa hè là 30 triệu USD và 15–20 triệu USD đối với Thế vận hội Trẻ Mùa đông, chi phí này không bao gồm cải thiện cơ sở hạ tầng để kiến thiết nơi tổ chức. Ủy ban Olympic Quốc tế quy định rằng chi phí cho cơ sở hạ tầng và địa điểm tổ chức do thành phố đăng cai chi trả.[12] Ủy ban Olympic Quốc tế chi trả phí di chuyển đến thành phố đăng cai cùng chi phí ăn ở cho các vận động viên và trọng tài, tài trợ lấy từ quỹ của ủy ban. Ngân sách của hai thành phố ứng cử đăng cai Thế vận hội Trẻ đầu tiên đệ trình là 90 triệu USD, cao hơn nhiều chi phí ước tính.[13] Chi phí cho kỳ đại hội đầu tiên tại Singapore tăng lên đến khoảng 387 triệu SGD (284 triệu USD).[14][15] Những nhà tài trợ chậm chạp trong việc cam kết cho Thế vận hội Trẻ, do đây là một sáng kiến mới và các công ty không chắc chắn về mức độ tuyên truyền mà họ đạt được.[13] Ngân sách để tổ chức Thế vận hội Trẻ tại Innsbruck được ước tính là 22,5 triệu USD, chưa kể những cải thiện cơ sở hạ tầng và kiến thiết địa điểm tổ chức.[16]